Собственно, я упоминал про это в комментариях:

А как быть с тем, что на предложение apt-get upgrade она выдаёт список из огромного количества пакетов, а потом:

После данной операции, объём занятого дискового пространства возрастёт на 10,9MB.
Хотите продолжить [Д/н]?
Извлечение шаблонов из пакетов: 100%
Предварительная настройка пакетов …
(Чтение базы данных… dpkg: невосстановимая ошибка, прекращение работы:
files list file for package `libgd2-xpm-dev’ is missing final newline
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (2)

Эта библиотека ни ставиться не хотела, ни удаляться. Ни каким пакетным менеджером. Оказалось, что надо найти файл .list для этого пакета и тупо удалить его. Имя файла определяется так:

locate libgd2-xpm-dev | grep .list

И после удаления этого файла пакет можно смело и успешно удалить при помощи apt-get remove libgd2-xpm-dev. У меня было два таких пакета (про них apt-get сам меня предупреждал). Оба удалились. Потом комп на перезагрузку и ОППА! он не загрузился. Собственно, это тема другого поста, а с этой конкретной проблемой я справился. Ну и надо было не забыть снова установить вышеупомянуте пакеты.